Palnik, będący centralnym elementem kotła na pellet, jest umieszczony w jego korpusie i wyposażony w grzałkę elektryczną, co umożliwia automatyczne rozpalanie. Paliwo najpierw trafia do komory spalania, zanim zostanie spalone. Półautomatyczne kotły na pellet posiadają ręcznie napełniany lej. Po osiągnięciu wymaganej temperatury, palnik przechodzi w tryb wygaszania, a potem postoju. Dla zapewnienia maksymalnego bezpieczeństwa, palniki są wyposażone w liczne zabezpieczenia przeciwpożarowe. Wewnątrz kotła znajdują się urządzenia odpowiedzialne za automatyczne procesy rozpalania, spalania, wygaszania, podawania paliwa i nadmuchu powietrza.
Istotnym elementem kotłów na pellet jest podajnik paliwa. Umożliwia on precyzyjne dozowanie pelletu z zasobnika na ruszt, gdzie następuje jego spalanie. Transport paliwa może odbywać się poprzez systemy mechaniczne, pneumatyczne lub ich kombinacje. W kotłach na pellet często stosuje się mechaniczne przenośniki ślimakowe, które stabilnie dostarczają pellet z magazynu do kotła. Innym rozwiązaniem jest system podciśnieniowy, gdzie turbina ssąca tworzy podciśnienie, zasysając pellet z magazynu i przesyłając go do kotła przez węże.
Wentylator nadmuchowy kontroluje utrzymanie płomienia w kotle. Proces spalania automatycznie wyłącza się, gdy woda w obiegu osiągnie określoną temperaturę, i ponownie włącza, gdy temperatura spadnie. Zapłon i wygaszenie pieca następują samoczynnie, zgodnie z ustawionymi przez użytkownika parametrami pracy.